Открываем КриптоПро CSP
Нажимаем кнопку "Обзор" и выбираем контейнер на Рутокене:
Нажимаем "Далее".
УСТАНОВКА СЕРТИФИКАТА В ЛИЧНОЕ ХРАНИЛИЩЕ
В зависимости от версии КриптоПро нужно либо просто нажать кнопку "Установить" или же нажать кнопку "Свойства"
Затем кнопку "Установить сертификат"
и воспользоваться мастером установки:
В случае если сертификатом на другом носителе уже пользовались перед установкой нового сертификата с Рутокена, то следует удалить старый сертификат из личного хранилища:
Удаление сертификата пользователя из личного хранилища
Нажимаем кнопку "Пуск" 
и запускаем Консоль MMC (Microsoft Management Console) 
в меню выбираем добавление оснастки: 
Заходим в "Личные" 
Заходим в "Сертификаты" 
Находим там свой сертификат и удаляем его: 
Также настоятельно рекомендуется перед началом использования нового Рутокена удалить запомненные пароли: 
