Если да, то вам имеет смысл обратиться к автору этой библиотеки - в техподдержку СигналКома http://www.signal-com.ru/ru/support/index.php.

PrivateKey priv = (PrivateKey) store.getKey(alias, passwordKey.toCharArray());

Теперь ход мысли таков: если сигнатура метода предусматривает ввод пароля, то понятно, что он все-таки нужен :). значит дело в утилите "Х" , которая почему-то не импортировала на рутокен настройку "защита паролем секртеного ключа".

Подскажите, пожалуйста, какие-либо утилиты и описание к ним. я только начинаю разбираться в  этой теме. Очень надеюсь на Вашу помощью

Напишите, пожалуйста, более подробно что и как Вы делаете:
- Как Вы создавали (с помощью чего) ключевой контейнер?
- С помощью чего загружали?
- ......

У меня вопрос: правильно ли, что  пароль к секретному ключу при загрузке его из контейнера не запрашивается? как правильно загружать секретный ключ?

Я создала ключевой контейнер, импортировала его на рутокен. При этом я включила защиту паролем на  доступ к контейнеру и к ключу.  Программно обращаюсь к контейнеру на рутокен: запрашивается ПИН рутокена и пароль для контейнера. Перебираю все объекты контейнера, нахожу секретный ключ и загружаю его:

if (store.isKeyEntry(alias)) {
PrivateKey priv = (PrivateKey) store.getKey(alias, passwordKey.toCharArray());
...
}

passwordKey можно ввести любой.