Начал копать глубже.
В конце dmesg появилась запись, когда воткнули ключ
[3115581.820038] usb 3-2: new full speed USB device using ohci_hcd and address 3
[3115582.041048] usb 3-2: New USB device found, idVendor=0a89, idProduct=0020
[3115582.041053] usb 3-2: New USB device strings: Mfr=1, Product=2, SerialNumber=0
[3115582.041057] usb 3-2: Product: Rutoken S
[3115582.041059] usb 3-2: Manufacturer: Aktiv Co.
[3115582.041180] usb 3-2: configuration #1 chosen from 1 choice

pvictor@build:~$ sudo openct-tool list
0 Rutoken S driver

pvictor@build:~$ sudo ifdhandler -ddd -F -p rutoken usb /dev/bus/usb/003/003
Debug: ifd_open: trying to open rutoken@usb:/dev/bus/usb/003/003
Debug: usb_set_params: called. config xffffffff ifc x00 eps xffffffff/xffffffff
Error: usb_claiminterface failed: Device or resource busy
Error: Rutoken: setting parameters failed
Error: usb:/dev/bus/usb/003/003: initialization failed (driver rutoken)
Error: unable to open reader rutoken usb /dev/bus/usb/003/003

pvictor@build:~$ sudo rutoken-tool -s
[rutoken-tool] reader-pcsc.c:906:pcsc_detect_readers: SCardEstablishContext failed: 0x8010001d
[rutoken-tool] reader-pcsc.c:1015:pcsc_detect_readers: returning with: No readers found
Using reader with a card: Rutoken S driver
Type: 0
Version: 3.0
Memory: 64 Kb
Protocol version: 2
Software version: 32
Order: 3
Serial number: 2AE67172

При установке JCP и драйвера RuToken под Win7x64 все до нормально подтянулось и ключ с хранилища считывается.
Подскажите, пожалуйста, хоть в какую сторону  копать, чтобы увидеть содержимое хранилища в Linux.
Благодарю.