Создаем контейнер

CryptAcquireContext(ref hProv, null, "Aktiv ruToken CSP v1.0", PROV_RSA_FULL, CRYPT_NEWKEYSET);

Вытаскиваем закрытый ключ из нашего объекта certificate

RSACryptoServiceProvider key = (RSACryptoServiceProvider) certificate.PrivateKey;
byte[] privateKeyBinary = key.ExportCspBlob(true);

Записываем его на токен

IntPtr hKey = IntPtr.Zero;
CryptImportKey(hProv, privateKeyBinary, (UInt32) privateKeyBinary.Length, IntPtr.Zero, 0, ref hKey);

Потом привязываем к ЗК сертификат

CryptSetKeyParam(hKey, KP_CERTIFICATE, certificate.RawData, 0)

И не забываем подчищать за собой

CryptDestroyKey(hKey);
CryptReleaseContext(hProv, 0);

Всевозможные проверки, для наглядности тут не показал.

Узнать имя контейнера, после его создания можно вот таким образом

uint stringLength = 0;
if (CryptGetProvParam(hProv, PP_CONTAINER, null, ref stringLength, 0))
{
    StringBuilder name = new StringBuilder((int) (stringLength + 1));
    if (CryptGetProvParam(hProv, PP_CONTAINER, name, ref stringLength, 0))
    {
        return name.ToString();
    }
}

Она делает так, что рутокен предлагает выбрать из нескольких носителей нужный.

IntPtr hProv = IntPtr.Zero;
string cspName = "Aktiv ruToken CSP v1.0";
CryptAcquireContext(ref hProv, null, cspName, PROV_RSA_FULL, CRYPT_NEWKEYSET);

Она выдает ошибку
Набор ключей не определен (0x80090019)

Строгих зависимостей от интерфейса нет. Хотя чем выше по уровню интерфейс, тем лучше.
Пишется маленькая утилита для получения сертификатов из Службы сертификатов Active Directory и записи их на Рутокен Lite без участия пользователя, с занесением дополнительной информации в MS SQL.

Смотрите пример для CryptoAPI в нашем SDK.
Должно подойти!

Уточните, пожалуйста, через какой интерфейс необходимо записывать? Для чего будет применяться?