Проверьте пожалуйста настройки реестра https://forum.rutoken.ru/topic/1538/ (указанные в данном топике разрешения реестра должны быть проставлены для Local Service и пользователя, под которым осуществлен вход в систему).

Если настройки службы и разрешения в реестре верные, то проверьте компьютер на наличие указанных в данном топике: https://forum.rutoken.ru/topic/2071/ программ.