Верно, номера в сертификате могут быть указаны как на один Рутокен, так и на партию. Номер СКЗИ не вшивается в Рутокен и просмотреть его в "Панели управления Рутокен" не получится. Номер СКЗИ указывается в формуляре, который поставляется вместе с токенами.

В любом случае, вам нужно будет этот вопрос адресовать той компании, где был приобретен токен или партия токенов.

Но опять таки речь идет про номер СКЗИ, который должен быть на учете в организации.

Определить сертифицирован Рутокен или нет можно только при наличии к конкретному токену или к партии сертификата на бумажном носителе.
Если сертификат на бумажном носителе отсутствует или утерян, Рутокен является несертифицированным.

Как получить номер СКЗИ для Rutoken ЭЦП 2.0?

Он вшит в Рутокен, как в джакарту или нет?
В панели управления Рутокен этой информации не вижу.

В приходящих документах видел только список серийных номеров в партии.

Учет СКЗИ нужен согласно требованиям закона.