Спасибо за уточнение!
Форматирование удалит всё содержимое вне зависимости от типа сертификатов или ключей.

Таким образом, в вашем случае и просмотр и удаление сертификатов возможны только через криптопровайдер VipNet CSP.

Можно уточнение - форматирование так же не затронет контейнеры или форматирование удаляет всё. не зависимо от того, что было и чем записано (включая разные средства СЗИ которые так же могут по своему что то записывать).

Vipnet CSP 4.2 создал контейнер в Rutoken S.

В панели управления  рутокен этот контейнер не показывается, хотя в випнет работает.
Соответственно невозможно удалить контейнер из панели управления.

Отчего не показывается этот контейнер?

Драйвер рутокен - последний.

"Панель управления Рутокен" не должна видеть сертификаты VipNet CSP на модели Рутокен S, обсуждение тут.
Отображение сертификатов Vipnet CSP в Панели возможно только на моделях семейства Рутокен ЭЦП.

При этом, удаление сертификатов сторонних криптопровайдеров средствами "Панели управления Рутокен" невозможно при работе с любой моделью Рутокен.

Таким образом, в вашем случае и просмотр и удаление сертификатов возможны только через криптопровайдер VipNet CSP.

В панели управления  рутокен этот контейнер не показывается, хотя в випнет работает.
Соответственно невозможно удалить контейнер из панели управления.

Отчего не показывается этот контейнер?

Драйвер рутокен - последний.