Антон Тихиенко, криптопровайдер - КриптоПро CSP, модель - Рутокен S 0 (32 и 64 Кб)
Заходим в суфд, выбираем необходимые заявки на кассовый расход, загружаем (картинки выше)

Рутокен сам по себе тут не влияет на увеличение времени подписи документов. Рутокен S выступает только в роли защищенного носителя для контейнера с ЭЦП и он сам документы не умеет подписывать — делает это КриптоПро CSP. Возможно задержки происходят из-за организации перебора носителей или иного алгоритма работы с ЭЦП в системе «СУФД» — оптимизировать скорость работы смогут только разработчики самой «СУФД».

Заходим в суфд, выбираем необходимые заявки на кассовый расход, загружаем:

Выбираем подписать, выходит вот такое окно:

Как пример – три заявки. Но обычно количество доходит до 1000 заявок.
И на этом моменте (когда происходит обработка) и проблема. Подписывается очень долго. Доходит до 3-х часов:

Антон Тихиенко, чисто визуально, скорость уменьшается в 2-3 раза. если нужна точная статистика - предоставим.
сертификат есть и на флешке и на рутокене.
при подписи с установленным рутокеном (не важно, где находится сертификат) происходит значительное замедление скорости

Проверил подпись файла (3Мб) при помощи сертификата "КриптоПро CSP" — со вводом PIN-кода (ключи и сертификат записаны на Рутокен, соответственно) заняло 5 секунд.

Опишите тогда более подробно как выполняется подпись у вас (опишите пошагово, со скриншотами каждого выполняемого шага)?
Какой криптопровайдер используется ("КриптоПро CSP" или какой то другой)?
Какой модели Рутокен?

Уточните, пожалуйста, что значит "низкая скорость", т.е. в каких единицах измеряется (наприммер, 1 минута с Рутокен и 5 секунд без него)?
Если сертификат не на носителе, то откуда он берется для подписи (например, реестр, флешка)?