Попробуйте так:

echo "hello" | pkcs11-tool --module /usr/lib/librtpkcs11ecp.so -s --id 4d594944313233 -l --pin 12345678 -m GOSTR3410-WITH-GOSTR3411-12-256 | base64 

Через сервис https://ra.rutoken.ru/ сделал на рутокене тестовый контейнер с сертификатом:
pkcs11-tool --module /usr/lib/librtpkcs11ecp.so --list-objects

...
Public Key Object; GOSTR3410-2012-256
  PARAMS OID: 06072a850302022301
  VALUE:      5d1616090359ca2ca0b5a3120a4f0573384b315eb67993367dab0936c876a75a
              518ec4b26d307fd7d0f827e67732da20f78de7064c19a9d70b314fa6d1dc98f9
  label:     
  ID:         4d594944313233
  Usage:      verify
  Access:     local
....

пытаюсь подписать:

$ echo "hello" | pkcs11-tool --module /usr/lib/librtpkcs11ecp.so -s --id 4d594944313233 -l --pin 12345678 | base64
Using slot 0 with a present token (0x0)
Using signature algorithm RSA-PKCS
error: PKCS11 function C_SignInit failed: rv = CKR_KEY_TYPE_INCONSISTENT (0x63)
Aborting.

В чем ошибка ?