Такой формат ключей начал поддерживаться начиная с версии КриптоПро 5.0 R2 это 5.0 12000 , а также более современными версиями.

Но, обратите, пожалуйста, внимание на то, что у вас на Рутокене только контейнер.
Файл сертификата на Рутокен не записан. Если у вас его нет, можно попробовать запросить файл сертификата в УЦ, выдавшем вам ключи.

Почему КриптоПро 5.0 11455 не видит Рутокен ЭЦП 2.0 при попытке посмотреть сертификаты в контейнере. В рутокене ЭЦП отображается, ввод пин кода возможен.

В чем может быть проблема, подскажите пожалуйста?