Команду выполняемую укажите целиком.

/opt/cprocsp/bin/amd64/certmgr -inst -inst_to_cont -cont '\.\Aktiv Rutoken lite 00 00\SCARD\rutoken_lt_3ce87710\0A00\5062' -f /home/ruslandzutsev/ЭЦП_создание/Сертификаты/Золоев.cer 
Certmgr 1.1 (c) "КРИПТО-ПРО", 2007-2021.
Программа для работы с сертификатами, CRL и хранилищами.
WARNING: Устаревший параметр: "-inst_to_cont"
Error(0x2). Cannot open file
    at ../../../../CSPbuild/CSP/src/certmgr/certmgr.cpp:3600

Не удается найти указанный файл. 

Если нужно импортировать сертификат в контейнер - выполните команду в "терминале":
/opt/cprocsp/bin/certmgr -inst -inst_to_cont -cont 'contname' -f /path/to/cer

при выполнении такая ошибка:

Certmgr 1.1 (c) "КРИПТО-ПРО", 2007-2021.
Программа для работы с сертификатами, CRL и хранилищами.
WARNING: Устаревший параметр: "-inst_to_cont"
Error(0x2). Cannot open file
    at ../../../../CSPbuild/CSP/src/certmgr/certmgr.cpp:3600

Не удается найти указанный файл.

ruslan_dzusev, день добрый.

ruslan_dzusev пишет:

certmgr -keys -verifyc -enum_c -fqcn

Нужно звать так: csptest -keys -verifyc -enum_c -fqcn

нет, оказывается нужно  вот так: /opt/cprocsp/bin/amd64/csptest -keyset -enum_cont -verifycontext -fqcn -uniq

Нужно звать так: csptest -keys -verifyc -enum_c -fqcn

Имя контейнера можете получить с помощью команды в том же "терминале":
/opt/cprocsp/bin/csptest -keys -verifyc -enum_c -fqcn

почему то выдает такое сообщение:

$ /opt/cprocsp/bin/amd64/certmgr -keys -verifyc -enum_c -fqcn
Certmgr 1.1 (c) "КРИПТО-ПРО", 2007-2021.
Программа для работы с сертификатами, CRL и хранилищами.
/opt/cprocsp/bin/amd64/certmgr: unrecognized option `-keys'
Неизвестная опция

Имя контейнера можете получить с помощью команды в том же "терминале":
/opt/cprocsp/bin/csptest -keys -verifyc -enum_c -fqcn

/path/to/cer - путь к файлу сертификата.

ruslan_dzusev,
Для привязки сертификата к закрытому ключу перейдите на вкладку Сертификаты - Установить сертификаты - Выберите файл сертификата.

это да, но тогда сертификат будет установлен в хранилище "Личное" а на токене останется только контейнер, а мне нужно чтобы и сертификат и контейнер были на токене.

ruslan_dzusev,
Запустите "Инструменты Криптопро" и выберите "Контейнеры", затем выберите вашу электронную подпись и нажмите кнопку "Установить сертификат".

Кнопка неактивна, так как на токене только контейнер без сертификата

Уточните пожалуйста где вы получали вашу электронную подпись?

Получали через УЦ Федеральное Казначейство  "Портал заявителя"

Да установлена. Версия 5.0