Судя по выводу команды pcsc_scan, Рутокен Lite определяется в системе корректно.
По данной ошибке рекомендуем проконсультироваться с технической поддержкой компании КриптоПро

Mon Feb 26 14:32:44 2024
Reader 0: Gemalto Gemplus USB SmartCard Reader 433-Swap [CCID Interface] (1-0000:00:04.0-2) 00 00
  Card state: Card removed,
Reader 1: Aktiv Rutoken lite 01 00
  Card state: Card inserted,
  ATR: 3B 8B 01 52 75 74 6F 6B 65 6E 6C 69 74 65 C2

ATR: 3B 8B 01 52 75 74 6F 6B 65 6E 6C 69 74 65 C2
+ TS = 3B --> Direct Convention
+ T0 = 8B, Y(1): 1000, K: 11 (historical bytes)
  TD(1) = 01 --> Y(i+1) = 0000, Protocol T = 1
-----
+ Historical bytes: 52 75 74 6F 6B 65 6E 6C 69 74 65
  Category indicator byte: 52 (proprietary format)
+ TCK = C2 (correct checksum)

Possibly identified card (using /usr/share/pcsc/smartcard_list.txt):
3B 8B 01 52 75 74 6F 6B 65 6E 6C 69 74 65 C2
        Aktiv Rutoken lite token

Все библиотеки и пакеты самые свежие.

Для работы Рутокен Lite на ОС Linux в deb-based системе должны быть установлены: библиотека libccid не ниже 1.4.2; пакеты libpcsclite1 и pcscd; pcsc-tools.
Более подробно об этих пакетах вы можете узнать из инструкции на Портале документации.

Пришлите, пожалуйста, вывод команды pcsc_scan

Все пакеты установлены, сервисы запущены. проброс порта по virtual here. токен видится и реагирует индикацией по service pcscd status, pkcs11-tool --module /usr/lib/librtpkcs11ecp.so -T, lsusb, pcsc_scan.  По service pcscd status выдает ошибки:

фев 20 13:35:42 Bukh1 pcscd[32451]: 00000048 ccid_usb.c:798:WriteUSB() write failed (4/23): -4 LIBUSB_ERROR_NO_DEVICE
фев 20 13:35:42 Bukh1 pcscd[32451]: 00000016 ifdwrapper.c:364:IFDStatusICC() Card not transacted: 617
фев 20 13:35:42 Bukh1 pcscd[32451]: 00005697 prothandler.c:87:PHSetProtocol() Protocol T=1 requested but unsupported by the card
фев 20 13:35:43 Bukh1 pcscd[32451]: 00995610 eventhandler.c:336:EHStatusHandlerThread() Error communicating to: Aktiv Rutoken lite 01 0
фев 20 13:35:43 Bukh1 pcscd[32451]: 00017406 winscard.c:264:SCardConnect() Reader Aktiv Rutoken lite 01 00 Not Found
фев 20 13:35:44 Bukh1 pcscd[32451]: 00383042 ccid_usb.c:798:WriteUSB() write failed (4/23): -4 LIBUSB_ERROR_NO_DEVICE
фев 20 13:35:44 Bukh1 pcscd[32451]: 00620350 winscard.c:264:SCardConnect() Reader Aktiv Rutoken lite 01 00 Not Found
фев 20 13:35:44 Bukh1 pcscd[32451]: 00000738 winscard.c:264:SCardConnect() Reader Aktiv Rutoken lite 01 00 Not Found
фев 20 13:35:44 Bukh1 pcscd[32451]: 00001639 winscard.c:264:SCardConnect() Reader Aktiv Rutoken lite 01 00 Not Found
фев 20 13:35:44 Bukh1 pcscd[32451]: 00000508 winscard.c:264:SCardConnect() Reader Aktiv Rutoken lite 01 00 Not Found

Криптопро не хочет видеть его. юсб носители видит и видит контейнеры на них.

Токен работает в том числе и через USB to IP посредством Virtual Here win 10 (server) win 10 (client). Пока нет возможности проверить на локальной ос астра линукс.