Воспроизводится ли ошибка на демо-площадке https://aktivco.github.io/rutoken-plugin-demo/ (Вкладка "Шифрование")? Если нет, можете посмотреть в отладчике параметры, с которыми вызывается функция (breakpoint на present.js:2358).

error: 'Command threw an exception'
message: 'Exception::defaultErrorCode()'

Пример данных:

deviceId: 0
certId: 'a1:b2:c3...'
recipientCerts: {}
data: 'someBase64string'
options: {base64: true, cipherAlgorithm: 256, outputFormat: 1}

С чем может быть связана такая ошибка и как можно ее исправить?