Для корректной работы Rutoken необходимо чтобы вход в систему производился с учетной записью Local Service

Для проверки (установки) заходим в "Службы" выбираем  "Smart Card" -> вторая закладка "Log On" ("Вход в систему") -> выбираем второй пункт сверху "This account" ("С учетной записью") -> нажимаем кнопку "Browse" ("Обзор")  -> набираем пару букв "Lo" -> нажимаем кнопку "Check Names" ("Проверить имена") должно появится LOCAL SERVICE. Нажимаем ОК, еще раз  ОК.  Делаем рестарт службы.