На Рутокен ЭЦП одновременно может находится несколько разных ключевых пар, но система ДБО работает с Рутокен ЭЦП  не напрямую, а через криптопровайдер,  поэтому работу с токеном должны поддерживать система ДБО и криптопровайдер. Соответственно  криптопровайдер  предоставляет интерфейсы для генерации, экспорта, импорта ключей, подписи и т.д.

На сегодня,  большинство систем ДБО поддерживают работу с Рутокен и Рутокен ЭЦП.  Но все же Вам лучше обратится в банк и спросить о поддержки  в  системе ДБО Рутокен ЭЦП.

У меня сложилась следующая ситуация. Раньше использовали только традиционные банки для своих ООО.
Сейчас с целью экономии времени подключили интернет банки.
Не особо сведуя в этих вопросах просто взяли и подключили.
Первый банк Траст- записали около 10 файлов на флэшку с расширениями .cer, .pem, .key. Насколько я понял это сертификаты и моя ЭЦП. Почитав в интернете о ДБО понял, что хранить на простой флэшке не очень безопасно, если да же вовремя втыкать и вытыкать при работе эту флэшку.
Заинтересовало устройство Рутокен ЭЦП.  Насколько я понимаю весь смысл в следующем- записываю эти файлы на токен, и их оттуда никто не сможет взять, считать (если конечно удаленнок моему компьютеру не подключатся) и скопировать, т.к. они не покидают токен вообще- то есть платежка идет на токен не подписанная, а с токена уже с подписью. И все получается безопасно.

Возникает вопрос, правильно ли я представляю работу токена?
Смогу ли я работать токеном с файлами банка, если в его системе это не предусмотренно (а предусмотрена запись этих файлов на простой флэшке)?
Будет ли работать токен с UBuntu 11.04?
И как записать эти файлы на токен?

Чуть не забыл, второй банк Москомприватбанк.
Они меня вообще поразили, записали на флэшку один файл вида .keystore и все- как я понимаю и есть ЭЦП.
По этому банку интересуют те же самые вопросы.

Общий вопрос- можно ли записать файлы обоих банков на один Рутокен ЭЦП?