Мы с такой проблемой не сталкивались, хотя проверяем свои драйвера периодически на самых разных версиях КриптоПро.
К нам так же никогда не обращались пользователи с такой проблемой.
Указанная Вами как "последняя" версия ею не является.
На сайте КриптоПро имеется КриптоПро CSP  Версия ядра 3.6.5359 КС1 Версия продукта 3.6.6934 R3
И с нею так же не возникает проблем.

Перерыл кучу форумов, включая производителей  Rutoken, но ни одно из предложенных решений проблемы не подошло. Судя по инету — косяк замучал не только меня одного…

Сводились они к рекомендациям по переустановке утилиты шифрования КриптоПро, драйверов Rutoken, изменении количества контейнеров и проверке доступного места на Rutoken.

Сия проблема была обнаружена у клиента на новёхоньком компьютере и свежеустановленной Windows XP Prof RUS. Ошибка повторилась после установки комплекта софта ещё на 3-х компьютерах клиента (тоже новенькие). Изрёк мысль: "Что-то у вас не так с дистрибутивом Windows, т.к. копирование на Rutoken на моём буке прошло без проблем"…

Пожал плечами и забыл… ЗРЯ!!! Проблема повторилась спустя пару дней у другого клиента. Опять достал бук и скопировал…

Приехав в офис долго изгалялся с подозрительным токеном вплоть до форматирования. Успокоился. Опять ЗРЯ!!! Проблема повторилась на следующем выезде, но бук был с собой и проблемку порешал быстро…

ПРИЗАДУМАЛСЯ…

ОШИБКА 0х80090023 (-2146893789)

•При попытке скопировать ключевой контейнер ЭЦП с USB-флешки на Rutoken
•При попытке скопировать ключевой контейнер ЭЦП из реестра Windows на Rutoken
•Неудачно скопированный ключевой контейнер ЭЦП при этом виден в обзоре КриптоПро, но не открывается. Удаляется нормально.
•Попытка копирования и удаление идут по времени намного дольше чем обычно

ОШИБКА

•при попытке скопировать ключевой контейнер ЭЦП откуда угодно (Rutoken, реестр и т.д.) на USB-флешку — открытый ключ не копируется, появляется только каталог закрытого контейнера с шестью файлами.

В НОРМЕ

•копирование ключевого контейнера ЭЦП с USB-флешки в реестр Windows
•копирование ключевого контейнера ЭЦП с Rutoken на Rutoken
•любые варианты копирования на моём буке

Сегодня провёл анализ версий установленных драйверов Rutoken у клиентов и сравнил с установленной на буке. Все одинаковые, последние. На буке оказалась старенькая версия, обрадовался и обновил на последнюю — проблема не проявляется… Шит! Не там копал…   

До кучи проверил версии КриптоПро, везде свеженькие, а на буке старенькая. Поставил последнюю и: "ВОТ ОНО ЧО МИХАЛЫЧ! ВОТ ОНО ЧО!" Проблема проявилась во всей красе! Тудыть!!!

Снёс и поставил обратно старенькую КриптоПро - больше проблем нет!

* косячная версия * нормальная версия
Версия ядра СКЗИ * 3.6.5359 КС1 * 3.6.5355 КС1
Версия продукта * 3.6.6497 * 3.6.5402

http://www.koshcheev.ru/2011/12/25/oshi … ontejnera/