А вот при перетыкании токена явно видно, что что-то не так. Возможно, это связано с последним pcsc-lite (у вас, как я вижу, 1.8.6). Его сейчас включили в новую Убунту и мы в данный момент выясняем, действительно ли там есть проблема с передергиванием устройств. Я постараюсь сообщить о результате как только мы решим этот вопрос.

В приведенном списке пакетов я не вижу тех, которые могли бы повлиять на работу смарт-карт. Из предыдущих обращений могу только предположить, что обновление libusb могло бы решить проблему, но ее в списке нет.
Могу предложить убрать пакеты, связанные с Pulseaudio и прочие пакеты, явно не имеющие отношения к системным, а затем фильтровать их дальше.

Проблему решил.

Кирилл Романовский, спасибо за ваши ответы.

Но однако есть небольшие переживания по наличию ошибок в логе отладчика

Выполнение команды service openct restart при подключенном токене

a:~ # pcscd -fddddddd
00000000 debuglog.c:269:DebugLogSetLevel() debug level=debug
00000035 debuglog.c:269:DebugLogSetLevel() debug level=debug
00000006 debuglog.c:269:DebugLogSetLevel() debug level=debug
00000005 debuglog.c:269:DebugLogSetLevel() debug level=debug
00000005 debuglog.c:269:DebugLogSetLevel() debug level=debug
00000005 debuglog.c:269:DebugLogSetLevel() debug level=debug
00000004 debuglog.c:269:DebugLogSetLevel() debug level=debug
00000197 configfile.l:245:DBGetReaderListDir() Parsing conf directory: /etc/reader.conf.d
00021092 configfile.l:257:DBGetReaderListDir() Skipping non regular file: ..
00000016 configfile.l:298:DBGetReaderList() Parsing conf file: /etc/reader.conf.d/reader.conf
00000789 configfile.l:257:DBGetReaderListDir() Skipping non regular file: .
00000018 pcscdaemon.c:525:main() pcsc-lite 1.8.6 daemon ready.
00001174 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/003/001
00000180 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/003/001
00000179 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x09DA, PID: 0x000E, path: /dev/bus/usb/003/002
00000208 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/004/001
00000205 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/005/001
00000210 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0002, path: /dev/bus/usb/001/001
00000205 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/006/001
00000171 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/006/001
00000179 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x0A89, PID: 0x0020, path: /dev/bus/usb/006/002
00000026 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x0A89, PID: 0x0020, path: /dev/bus/usb/006/002
00000007 hotplug_libudev.c:312:HPAddDevice() Adding USB device: Aktiv Rutoken S
00000035 readerfactory.c:978:RFInitializeReader() Attempting startup of Aktiv Rutoken S 00 00 using /usr/lib64/pcsc/drivers/openct-ifd.bundle/Contents/Linux/openct-ifd.so
00000354 dyn_unix.c:81:DYN_GetAddress() IFDHCreateChannelByName: /usr/lib64/pcsc/drivers/openct-ifd.bundle/Contents/Linux/openct-ifd.so: undefined symbol: IFDHCreateChannelByName
00000014 readerfactory.c:836:RFBindFunctions() Loading IFD Handler 2.0
00000231 readerfactory.c:327:RFAddReader() Using the pcscd polling thread
00000342 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/007/001
00000215 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/008/001
00000245 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0002, path: /dev/bus/usb/002/001
00000047 readerfactory.c:1306:RFWaitForReaderInit() Waiting init for reader: Aktiv Rutoken S 00 00
00012390 readerfactory.c:1306:RFWaitForReaderInit() Waiting init for reader: Aktiv Rutoken S 00 00
00009356 eventhandler.c:256:EHStatusHandlerThread() powerState: POWER_STATE_POWERED
00000026 Card ATR: 3B 6F 00 FF 00 56 72 75 54 6F 6B 6E 73 30 20 00 00 90 00
Error: Bad CTBCS APDU, ins=0x15
00400174 eventhandler.c:446:EHStatusHandlerThread() powerState: POWER_STATE_UNPOWERED
43403810 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x0951, PID: 0x1642, path: /dev/bus/usb/002/004

При отключении и подключении токена

79767261 hotplug_libudev.c:587:HPEstablishUSBNotifications() Device removed
00000390 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/003/001
00000106 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/003/001
00000113 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x09DA, PID: 0x000E, path: /dev/bus/usb/003/002
00000132 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/004/001
00000139 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/005/001
00000085 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0002, path: /dev/bus/usb/001/001
00000084 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/006/001
00000065 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/006/001
00000071 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x0A89, PID: 0x0020, path: /dev/bus/usb/006/002
00000090 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/007/001
00000093 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/008/001
00000118 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0002, path: /dev/bus/usb/002/001
53067247 winscard_msg_srv.c:230:ProcessEventsServer() Common channel packet arrival
00000030 winscard_msg_srv.c:242:ProcessEventsServer() ProcessCommonChannelRequest detects: 6
00000009 pcscdaemon.c:93:SVCServiceRunLoop() A new context thread creation is requested: 6
00000094 winscard_svc.c:299:ContextThread() Thread is started: dwClientID=6, threadContext @0x61ed60
00000029 winscard_svc.c:317:ContextThread() Received command: CMD_VERSION from client 6
00000023 winscard_svc.c:329:ContextThread() Client is protocol version 4:2
00000013 winscard_svc.c:349:ContextThread() CMD_VERSION rv=0x0 for client 6
00000076 winscard_svc.c:317:ContextThread() Received command: ESTABLISH_CONTEXT from client 6
00000031 winscard.c:193:SCardEstablishContext() Establishing Context: 0x474B4E5D
00000007 winscard_svc.c:410:ContextThread() ESTABLISH_CONTEXT rv=0x0 for client 6
00000060 winscard_svc.c:317:ContextThread() Received command: CMD_GET_READERS_STATE from client 6
00000050 winscard_svc.c:317:ContextThread() Received command: CMD_GET_READERS_STATE from client 6
00000052 winscard_svc.c:317:ContextThread() Received command: RELEASE_CONTEXT from client 6
00000017 winscard.c:204:SCardReleaseContext() Releasing Context: 0x474B4E5D
00000014 winscard_svc.c:425:ContextThread() RELEASE_CONTEXT rv=0x0 for client 6
00000036 winscard_svc.c:309:ContextThread() Client die: 6
00000018 winscard_svc.c:926:MSGCleanupClient() Thread is stopping: dwClientID=6, threadContext @0x61ed60
00000010 winscard_svc.c:932:MSGCleanupClient() Freeing SCONTEXT @0x61ed60
15878081 hotplug_libudev.c:587:HPEstablishUSBNotifications() Device removed
00000736 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/003/001
00000182 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/003/001
00000224 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x09DA, PID: 0x000E, path: /dev/bus/usb/003/002
00000340 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/004/001
00000342 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/005/001
00000277 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0002, path: /dev/bus/usb/001/001
00000219 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/006/001
00000212 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/007/001
00000220 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0001, path: /dev/bus/usb/008/001
00000212 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x1D6B, PID: 0x0002, path: /dev/bus/usb/002/001
00000016 hotplug_libudev.c:513:HPRescanUsbBus() Removing USB device[0]: Aktiv Rutoken S at /dev/bus/usb/006/002
00000018 readerfactory.c:529:RFRemoveReader() UnrefReader() count was: 1
00000006 eventhandler.c:148:EHDestroyEventHandler() Stomping thread.
00000006 eventhandler.c:177:EHDestroyEventHandler() Waiting polling thread
00319795 eventhandler.c:469:EHStatusHandlerThread() Die
00000092 eventhandler.c:188:EHDestroyEventHandler() Thread stomped.
00000014 readerfactory.c:1029:RFUnInitializeReader() Attempting shutdown of Aktiv Rutoken S 00 00.
00000040 readerfactory.c:905:RFUnloadReader() Unloading reader driver.
17159092 hotplug_libudev.c:260:get_driver() Looking for a driver for VID: 0x0A89, PID: 0x0020, path: /dev/bus/usb/006/003
00000016 hotplug_libudev.c:312:HPAddDevice() Adding USB device: Aktiv Rutoken S
00000047 readerfactory.c:978:RFInitializeReader() Attempting startup of Aktiv Rutoken S 00 00 using /usr/lib64/pcsc/drivers/openct-ifd.bundle/Contents/Linux/openct-ifd.so
00000292 dyn_unix.c:81:DYN_GetAddress() IFDHCreateChannelByName: /usr/lib64/pcsc/drivers/openct-ifd.bundle/Contents/Linux/openct-ifd.so: undefined symbol: IFDHCreateChannelByName
00000015 readerfactory.c:836:RFBindFunctions() Loading IFD Handler 2.0
00000110 readerfactory.c:1009:RFInitializeReader() Open Port 0x200000 Failed (usb:0a89/0020:libudev:0:/dev/bus/usb/006/003)
00000009 readerfactory.c:312:RFAddReader() Aktiv Rutoken S init failed.
00000006 readerfactory.c:529:RFRemoveReader() UnrefReader() count was: 1
00000006 readerfactory.c:1029:RFUnInitializeReader() Attempting shutdown of Aktiv Rutoken S 00 00.
00000005 readerfactory.c:905:RFUnloadReader() Unloading reader driver.
00000061 hotplug_libudev.c:384:HPAddDevice() Failed adding USB device: Aktiv Rutoken S

Подскажите насколько критичны эти ошибки и на что они оказывают влияние?

Помогите уменьшить количество обновляемых пакетов, есть чувство, что надо обновить 4-5 пакетов всего...

http://rghost.ru/private/41108283/1eda1 … 500cb36c72

$ killall pcscd

2) запустите его снова командой

$ pcscd --afdddddd

3) вставьте токен и пришлите сюда лог

значит opensc работает корректно

и opensc-tool -l
Readers known about:
Nr.    Driver     Name
0      openct     Rutoken S driver
1      openct     OpenCT reader (detached)
2      openct     OpenCT reader (detached)
3      openct     OpenCT reader (detached)
4      openct     OpenCT reader (detached)

тоже самое и на SP2

Давайте сначала проверим, что токен виден в системе. Выполните на системе с SP1 команду

opensc-tool -l

прилагаю результат выполнения на  SP1 команды openct-tool atr

Detected Rutoken S driver
Card present, status changed
ATR: 3b 6f 00 ff 00 56 72 75 54 6f 6b 6e 73 30 20 00 00 90 00

тоже самое и на SP2

Скачайте с сайта КриптоПро 3.6 R3 - поддержка Рутокенов реализована в нем.

Скачал, поставил, ситуация та же...рутокен не виден...

Однако замечено, что на SUSE Linux Enterprise Server 11 Service Pack 2 Version 11.2.0.33 (2012-02-15) при тех же самых действиях рутокен виден для криптоПРО.

Думаю разница в 2-3 пакетах, которые отсутствуют на sp1 - подскажите в каких....

Да, это я видел. Просто вы сказали, что она не видит контейнер, а контейнеры в понимании КриптоПро - это уже сущность на токене.
При установке вы выполняли рекомендации, описанные в архиве Rutoken_S_support.zip, идущем в дистрибутиве?

Пользовался другой инструкцией...
На диске нет такого архива. Дайте пожалуйста ссылку, чтобы скачать Rutoken_S_support.zip