Спасибо!
Так как работать с приложением буду не я  один, лучше ориентироваться на настройки по умолчанию.

Сами обращения к токену 1 раз в 5 минут существенно не уменьшат его время автономной работы.
Однако, не позволяя токену "уснуть" вы конечно сократите этот срок ~ до 40 часов.

Здравствуйте.
Я хочу, чтобы Рутокен Bluetooth не отключался по таймауту во время работы приложения.  Пока  вижу только один способ - запустить процесс,  который будет периодически обращаться к устройству.
Можно ли это как-то иначе сделать?

Это правильный способ, другого нет.
Если вы не хотите делать их 1 раз в 4 минуты 59 секунд, то периодические обращения к токену могут делаться реже, если вы измените настройку токена в панели управления Рутокен. (по умолчанию время до самоотключения - 5 минут)