Не отписывал т.к. ждал результата...
Клиенты молодцы, я думал на последний крайний случай предложить переустановить ОС, а они проверив ключ на другом ПК, убедились что он рабочий - взяли и сами ОС полностью переставили.

Вот.
Потому понять что было не удалось, но главное проблема решена и это был не рутокен конечно виновник.

Так что в конце этого года. девиз пока остаётся прежний "Рутокини Рулят!" :-)
Всех с наступающим.

1) Изначально был применён драйвер 4.2.3.0
Когда работа была с ошибками попробовали драйвер 4.2.5.0
ситуация аналогичная.

2) Пробовали разные USB порты, не чего не изменяется, ситуация аналогичная.

3) Выполнил команду certutil -scinfo отработало как и ожидалось, процесс опроса завис
как на скрине где описывалась ошибка PU1015

=====
Далее отключил "Устройство чтения смарт карт WUDF" - запрос сразу продолжил опрос.
Т.е. где то кто то блокирует доступ.

На ПК в основном только ПО для работы, 1С и дла кассы драйвера.
Похожих мест было переоборудовано не мало и потому тут ед. место где появилась проблема.

Заметил что версия драйвера на обновлённой ОС не совпадает с моим
"Устройство чтения смарт карт WUDF 6.1.7601.18459" - но думаю это не основная причина.

Уд. доступ попробуем предоставить.

Пока вижу причину где то в обращении к ключу, т.к. даже отключая WUDF, на рабочем ПК,
панель управления запускается за доли секунды, на проблемном же это занимает несколько
секунд (до 1-2 минут бывает), но далее невозможно ввести пароль и т.п.

=====
Далее попробую удалить программу защитника и установить всё без неё, обновить драйвер WUDF.

У себя пока не смог повторить ошибку.

Не редко панель в такой случае выдает ошибку 0x80100017
\ по поиску находит
PU1015 - База знаний - Сервер документации Рутокен
https://dev.rutoken.ru/display/KB/PU1015

Описание
При попытке запуска "Панели управления Рутокен" со вставленным Рутокен S возникает ошибка "Указанное устройство чтения сейчас недоступно"
(Источник ошибки Win32 Код ошибки 0x80100017 Описание ошибки Указанное устройство чтения сейчас недоступно).

Есть ли ещё какие то идею по мимо PU1015, что можно проверить, почему очень долгий отклик и как следствие не корректное чтение?

Здравствуйте, Vintik.

Знание PU1015 касается только модели Рутокен S. К Рутокен ЭЦП 2.0, чаще всего, не относится.
Подобную ошибку с Рутокен ЭЦП 2.0 сейчас исследуем - зачастую помогает подключение Рутокен к другому USB-порту.
Если не поможет - было бы неплохо организовать удаленное подключение к компьютеру.

Тему можно была написать в раздел Windows, но т.к. тематика связана
с обновлением ключей для ЕГАИС, решил оставить тему в данном разделе,
хотя мне кажется она связана именно с проблемой ОС (и железа).

При типичной уже замене с JaCarta на Рутокен, клиент сделал все штатные шаги,
т.е. удалил всё что было от прежнего и поставил что нужно новому.

В целом всё заработало, но потом обнаружилось, что УТМ не запускался автоматически,
службы пришлось запускать в ручную и панель при запуске и просмотре сертификата
зависает на несколько минут.

На ПК из АЗИ остался только штатный защитник, который в и тоге отключал и переустанавливал драйвера.

То что не запускался УТМ, скорее всего был атипичная ошибка, расширил права и он стал корректно
стартовать, однако панель и обращение к Рутокену по прежнему проблематична.
Ввести пароль пользователю мне так и не удалось, на этом моменте зависает и не откликается.
В логах УТМ видно что он так же пытается обращаться и с трудом их от туда получает.
Попытка зайти в ЛК на последнем шаге прерывается.

Не редко панель в такой случае выдает ошибку 0x80100017
\ по поиску находит
PU1015 - База знаний - Сервер документации Рутокен
https://dev.rutoken.ru/display/KB/PU1015

Описание
При попытке запуска "Панели управления Рутокен" со вставленным Рутокен S возникает ошибка "Указанное устройство чтения сейчас недоступно"
(Источник ошибки Win32 Код ошибки 0x80100017 Описание ошибки Указанное устройство чтения сейчас недоступно).
При закрытии окна с ошибкой Рутокен S не определяется в поле "Подключенные Рутокен".
Команда certutil -scinfo показывает смарт-карту, но её состояние: "Карта используется совместно с другим процессом".

Решение

Перезагрузите компьютер и проверьте работу с Рутокен S
Если перезагрузка не помогла, источниками проблемы могут являться установленные компоненты:
"Менеджер браузеров"
"Кнопка Яндекс на панели задач"
"Яндекс Строка"

        Некоторые версии этих компонентов не позволяют работать с ключевым идентификатором Рутокен S.
        Для решения проблемы необходимо обновить эти компоненты до последних версий, в которых ошибка поправлена или удалить их с компьютера.
        Если принимаете решение удалить эти компоненты, после их удаления, для восстановления работоспособности, обязательно нужно перезагрузить компьютер.\

Команду certutil -scinfo не пробовал (т.к. по переходу в БД ошибок была ошибка), но реакция была такая же.
На ПК заметил принимаются обновления ОС и предположил, что какое то могло мешать,
потом предположил им обновить ОС до текущей версии, возможно это поможет.
В самом журнале ОС много ошибок, но по панели явно не было.

ОС на ПК W-7x64? AMD 3 Гц, 8 ГБ ОЗУ
т.е. ПК достаточно не старый.

В логах очень много ошибок на не верное устр-во CdRom0, предполагаю что это из за временной лиц. на "Дтулз"
и в устройствах видно одно не понятное "Уником" устройство в USB.

Уточнил не используют ли старый USB HUB т.к. если он старый, то ключи могут не работать,
ответили что нет, вроде подключают на прямую.
Попросил попробовать переключить в заднюю часть ПК, если ранее подключали к передней части ПК.

======
Есть ли ещё какие то идею по мимо PU1015, что можно проверить, почему очень долгий отклик и как следствие не корректное чтение?