При обновлении (продлении) сертификата по ЕГАИС далее ввод его в работу,
было несколько случаев, после чего УТМ работал и не подавал не каких признаков ошибки,
но при пробитии товара 1С выдавала ошибку:

Не удалось сформировать электронную подпись чека в ЕГАИС! Сервер отклонил запрос
Сертификат SN: ..... недействительный
..
Сертификат SN: ..... недействительный

Данная ошибка может быть по разным причинам, но т.к. сам УТМ работает,
это вызывало ложные сомнение на счёт эл. ключа Руткен ЭЦП 2.0 (по аналогии с JaCarta SE).
Однако в моих случаях это не подтвердилось т.к. это были проблемы с правами доступа к каталогу УТМ.
По не понятным причинам УТМ не мог обновить каталоги и обычно для решения проблемы
хватало дать более полные полномочия пользователю.