По нашему опыту, при работе с УТМ ЕГАИС допускается только один действующий сертификат формата PKCS#11 (как для ЕГАИС), иначе УТМ перестает запускаться. В большинстве ИФНС по умолчанию на устройство Рутокен ЭЦП 2.0 2100 генерируются как раз ключи такого формата, вне зависимости от области применения. При этом, одновременное нахождение на этом же ключе контейнера и сертификата формата «КриптоПро CSP» работе УТМ не мешает.
В остальных случаях технически можно хранить по несколько ключей на одном Рутокене.

Только, на всякий случай, предупрежу, что сотрудника УЦ нужно предупредить, если на устройстве уже записан ключ ЭП, во многих УЦ по регламенту производится форматирование перед записью нового ключа.