Добрый день,
Службы могут не видеть устройства в следующих случаях:
1. Служба стартует раньше драйвера устройства (CCID) и не может найти его. Проверить эту версию можно, вручную перезапустив службу в консоли администрирования после перезагрузки рабочей станции. Если устройство стало находиться, то дело в этом. Лечится установкой зависимости службы от драйвера устройства.
2. Пользователь, от имени которого действует служба, не имеет привилегий для работы с устройством (упомянуто вами).
3. Не совпадает системное окружение у программы, работающей в режиме службы и в режиме, собственно, приложения. От этого пляшут относительные пути к конфигурационным файлам или ключам реестра.
С уважением, Алексей Лазарев
С уважением, Алексей Лазарев, Компания "Актив"