В этом вопросе есть две проблемы:
1) Доказательство того, что документ подписан вами
2) Доказательство того, что подписание произошло в тот момент, когда сертификат действовал.
Приведенный вами пример можно упростить до того, что возможно уже сейчас. Следите за руками:
1) Вы генеральный директор некой фирмы. Как единоличный исполнительный орган обладаете электронной подписью юрлица.
2) Вас не по доброму увольняют с должности... ну или ещё что-то такое, из-за чего у вас возникла обида на владельца бизнеса
3) В порыве мести вы находите фирму-прокладку и заключаете с ней договор на работы на 20 миллионов рублей и подписываете акты выполненных работ. Всё это делаете в электронном виде. А в самих документах вы ставите дату, когда вы ещё были гендиром.
4) Фирма-прокладка приходит в вашу бывшую организацию и требует с них 20 миллионов, предъявляя документы.
Даже если после вашего ухода сертификат был отозван, документы, которые подписаны до этого момента считаются действительными. Таким образом приходим к тому, что необходим способ достоверно убеждаться в том, что документ действительно был подписан во время действия сертификата.
Тут имеется два выхода, но оба требуют привлечения третьих лиц.
1) Использование стороннего оператора документооборота для пересылки документов и заключения сделок, который независим и незаинтересован в том, чтобы вставать на сторону жуликов.
2) Более перспективый вариант - использование службы штампа времени. Это третье лицо, которому передаётся условно хэш того документа, который вы хотите подписать. Служба дополняет хэш текущим временем и эту пару значений подписывает своей электронной подписью. Таким образом, любой может убедится в том, что метка времени, которая есть в вашей подписи, подписана службой штампа времени.
Второй способ нашел отражение в новой редакии 63-ФЗ "Об электронной подписи". Однако его использование не является обязательным и носит на текущий момент добровольных характер. То есть грубо говоря, если дело дойдёт до суда и в документе есть подпись со штампом времени, суд будет исходить из него. Если метки времени нет, то суд будет из своих соображений и других фактов исходить при принятии решения о том, был ли тот или иной документ подписан соответствующим лицом.