Добрый день,
Посмотрел rfc по ssh и вот что нарыл на этот счёт. Ассиметричные ключи используются для выработки общих ключей (Key exchange). Причем процесс выработки общих ключей может происходить не только в самом начале сессии, но и в процессе работы (re-exchange key). Это может происходить при достижении лимита объема зашифрованной информации. Конкретно стандарт рекомендует обновлять общий ключ через один гигабайт.
В интернете пишут, что OpenSSH имеет команду для принудительной выработки общего ключа: в терминале надо ввести ~R. По идее, если токен вытыкался в процессе работы, это должно привести к ошибке. Т.к. ключ вытаскивался, то сессия на токене закроется и доступ к закрытому ключу потеряется.
Так что токен во время ssh сессии большую часть времени действительно не используется. Тем не менее вынимать его в процессе работы не рекомендуется — это потенциально обрушит сессию в будущем:)
Насчёт того, что гаснет лампочка — ничего сказать не могу. Надо смотреть как устроена микропрограмма ридера.
Передаваемые apdu команды можно узнать запустив pcscd с такими ключами:
Перед этим вам вероятно нужно будет «грохнуть» сервис Смарт-карт, висящий в фоне:
sudo systemctl stop pcscd.service
sudo systemctl stop pcscd.socket
Стандарт, на который опираюсь представлен здесь:
https://tools.ietf.org/html/rfc4253