Можно написать свой криптопровайдер и использовать его совместно с Рутокен ЭЦП или воспользоваться готовым, кому как нравится. Рутокен ЭЦП не заменяет работу криптопровойдера, но делает его использование менее уязвимым. Секретные ключи пользователя не покидают Рутокен ЭЦП поэтому украсть их невозможно.
Под криптопровадером я понимаю библиотеку выполненную в соответствии с MS CAPI. Если Вы разрабатываете свое приложение и поддержка технологий Microsoft Вам не интересна, то работать с Рутокен ЭЦП и осуществлять криптографические операции можно через PKCS#11 или на более низком уровне.
Сертификация это очень тонкий вопрос. Например, если Вы используете сертифицированное ФСБ решение А совместно с не сертифицированным решением В, то, в соответствии с законодательством, нужно либо сертифицировать все вместе или получать заключение на корректность встраивания. Справедливости ради нужно заметить, что так поступают не часто, пока хватает сертификатов выданных на решение А.