Почему нет отдельного модуля поддержки для КриптоПро 3.6?
Потому что модули поддержки Rutoken для КриптоПро уже входят в состав КриптоПро 3.6.
Зачему у вас сделан единый дистрибутив для для всех версий КриптоПро CSP?
Видимо, Вы имели в виду Rutoken для КриптоПро CSP. Он включает в себя драйвера Rutoken для ОС обоих разрядностей, документацию и модули поддержки для КриптоПро CSP версий 2.0 и 3.0. Также данный дистрибутив содержит утилиту администрирования Rutoken, которая позволяет, в частности, менять PIN-коды и форматировать Rutoken. Данный комплект пользуется популярностью среди пользователей, т.к. содержит всё необходимое для работы Rutoken с КриптоПро. Кроме того, позволяет не запутаться в том, что нужно качать для конкретной ситуации.
Зачем мне и моим клиентам держать на компьютере совершенно не нужные модули?
Дистрибутив содержит всё, что может потребоваться пользователю в различных ситуациях. Ненужных модулей на компьютере не будет.