Добрый день! Вероятно, вы говорите про модель Рутокен ЭЦП 3.0 3220. Наблюдаемое вам поведение, соотносится с техническими характеристиками этой модели.
В текущий момент можем предложить использовать модель Рутокен ЭЦП 3.0 NFC 3100, что работает с RSA-4096 значительно быстрее.
Для сравнения:
Рутокен ЭЦП 3.0 3220
Генерация RSA-4096 - ~570 с
Выполнение подписи RSA-4096 - ~6.6 с
Рутокен ЭЦП 3.0 NFC 3100
Генерация RSA-4096 - ~104 с
Выполнение подписи RSA-4096 - ~1 с
Также, в этом году выйдут новые модели токенов линейки 3.0, которые будут работать с RSA-4096 еще в десятки раз быстрее.