Запускаем КриптоПро CSP
Переходим в закладку "Оборудование"

Нажимаем "Настроить носители"

Выбираем Рутокен и нажимаем кнопку "Свойства"

Переходим во вкладку "Настройки"

Выставляем нужное количество контейнеров

P.S. Контейнер КриптоПро занимает около 4 кб. Таким образом максимальное количество контейнеров КриптоПро, которое можно разместить на Рутокене:

8К - 1 контейнер;
16К - 3 контейнера;
32К - 7 контейнеров;
64К - 15 контейнеров;
128К - 31 контейнер.

P.S.S. Не стоит ставить максимальное значение без необходимости, так как это приведет к снижению быстродействия Рутокена