В контейнере закрытого ключа отсутствует открытый ключ шифрования

Если Вам выдали Рутокен, содержащий контейнер закрытого ключа, и другой носитель, содержащий открытый ключ (файл с расширением .cer), то перед использованием Рутокена надо поместить сертификат в контейнер на токене
Это можно сделать с помощью  Утилиты импорта сертификатов Cert2Cont или с помощью КриптоПро - https://forum.rutoken.ru/topic/1411/