Допустим что вредонос живущий на компьютере "обычный", т.е. расчитанный на массовое распространение у обычных пользователей. Такой вирус никак не сможет перенестись на другой "чистый" компьютер через Рутокен.
Чисто теоретически, наверное, можно написать узкоспециализированный вирус поражающий именно такую конфигурацию, как Вы описали, но ему по всей видимости потребуются внешние компоненты и самостоятельно он распространяться вряд ли сможет. Нам о существовании таких вредоносов пока ничего не известно. Им были бы подвержены и смарт-карты и токены других производителей. Но пока такой информации не появлялось.