TrueCrypt и ruToken?
В новой версии 6.1. опенсорсного TrueCrypt реализована поддержка хранения секретных ключей на токенах и смарткартах
TrueCrypt can directly use keyfiles stored on a security token or smart card that complies with the PKCS #11 standard [23] and that allows the user to store a file (data object) on the token/card. To use such files as TrueCrypt keyfiles, click Add Token Files (in the keyfile dialog window)
с RuToken-ом проблем не будет?