Рутокен и RDP
Если ваш токен вставлен в терминал, а в программе терминального клиента настроен проброс смарт-карт, то Рутокен работать будет.
Если же Рутокен вставлен в сервер, а к нему пытаются обратится удаленно, то такая схема работать не будет.
В Citrix будет ситуация аналогичная использованию Рутокена в RDP.
Другие системы терминального доступа, такие как RAdmin или VNC, напротив, позволяют работать с токеном удалённо, но не позволяют пробросить клиентский токен на удаленную машину.
Более правильной считается работа по RDP протоколу, так как токен является персональным устройством и должен находится при пользователе. Его удаленное использование противоречит самой идее двухфакторной защиты.