Копирование контейнера с дискеты на рутокен

Это ошибка самого КриптоПро. Просмотр форума на сайте КриптоПро показал, что причин может быть много. Например http://www.cryptopro.ru/cryptopro/forum/view.asp?q=2636

Скорее всего у Вас включено кэширование паролей.
Самое простое, что можно попробовать, это удалить запомненые пароли. Часто этого оказывается достаточно для решения проблемы.