Если у Вас уже есть контейнер с сертификатом на дискете, на флэшке или в реестре, то Вы можете его перенести на Рутокен.
Сначала убедитесь, что нужные считыватели доступны в КриптоПро.
КриптоПро CSP -> Закладка "Оборудование" -> нажимаем кнопку "Настроить считыватели".
В зависимости от типа установки Рутокена в КриптоПро будут видно или отдельные считыватели "Aktiv Co. Rutoken", или же пункт "Все считыватели смарт карт":

Рассмотрим процес копирования контейнера из реестра.
Нажимаем "Скопировать":

Нажимаем кнопку "Обзор":

Выбираем контейнер, который хотим перенести на Рутокен:

Нажимаем кнопку "Далее":

Вводим пароль контейнера и нажимаем кнопку "ОК":

Вводим имя нового контейнера, который будет создан на Рутокене:

Указываем Рутокен:

Вводим PIN-код пользователя Рутокена:

Проверяем результат копирования:

Видим два контейнера. Один исходный, а второй - его копию на Рутокене: 

Просматриваем содержимое контейнера на Рутокене:

Для того чтобы теперь воспользоваться новым носителем нужно установить сертификат с Рутокена в личное хранилище сертификатов.
УСТАНОВКА СЕРТИФИКАТА В ЛИЧНОЕ ХРАНИЛИЩЕ        
В зависимости от версии КриптоПро нужно либо просто нажать кнопку "Установить" или же нажать кнопку "Свойства"

Затем кнопку "Установить сертификат"

и воспользоваться мастером установки:




В случае если сертификатом на другом носителе уже пользовались перед установкой нового сертификата с Рутокена, то следует удалить старый сертификат из личного хранилища:
Удаление сертификата пользователя из личного хранилища        
Нажимаем кнопку "Пуск"

и запускаем Консоль MMC (Microsoft Management Console)    


В меню выбираем добавление оснастки:


Выбираем "Сертификаты"




Заходим в "Личные"

Заходим в "Сертификаты"

Находим там свой сертификат и удаляем его:


Также настоятельно рекомендуется перед началом использования нового Рутокена удалить запомненные пароли:


Контейнеры на сменных носителях (дискетах и флэшках) выглядят как папки с файлами


Копирование осуществляется аналогично описанному выше копированию контейнера из реестра, только в качестве источника выбирается дисковод А или флэшка выглядящая в КриптоПро как дисковод с соответствующей буквой: