Для того чтобы начать работу с сертификатом находящемся на Рутокене его необходимо предварительно установить в личное хранилище сертификатов.
Открываем КриптоПро CSP

Нажимаем кнопку "Обзор" и выбираем контейнер на Рутокене:


Нажимаем "Далее".
УСТАНОВКА СЕРТИФИКАТА В ЛИЧНОЕ ХРАНИЛИЩЕ         
В зависимости от версии КриптоПро нужно либо просто нажать кнопку "Установить" или же нажать кнопку "Свойства"

Затем кнопку "Установить сертификат"

и воспользоваться мастером установки:




В случае если сертификатом на другом носителе уже пользовались перед установкой нового сертификата с Рутокена, то следует удалить старый сертификат из личного хранилища:

Удаление сертификата пользователя из личного хранилища         
Нажимаем кнопку "Пуск"

и запускаем Консоль MMC (Microsoft Management Console) 


в меню выбираем добавление оснастки:






Заходим в "Личные"

Заходим в "Сертификаты"

Находим там свой сертификат и удаляем его:


Также настоятельно рекомендуется перед началом использования нового Рутокена удалить запомненные пароли: