Здравствуйте tsergya, для получения подписи в УЦ ФНС и доверенные лица УЦ ФНС России, необходимо предоставить сертифицированный ключевой носитель информации.
Имеющийся у вас носитель Рутокен ЭЦП является устаревшей моделью и не поддерживает аппаратную генерацию ключей формата ГОСТ 2012. Скорее всего, именно с этим связана ошибка при попытке генерации ключей в ФНС. Перепрошивка и форматирование тут не поможет.
Что можно сделать: попросить инспектора ФНС сгенерировать ключи в пассивном режиме.
Подробнее в статье по ссылке пункт 3. Хранение в защищенной файловой системе Рутокен.