Не совсем понятно, что Вы подразумеваете под "программными модулями". В любом случае, используемые интерфейсы и модули во многом зависят от ПО, в составе которого используется Рутокен. ПО может взаимодействовать с Рутокеном либо за счет поддержки стандартов (напр. PKCS#11), либо обращаясь непосредственно к Рутокену на одном из уровней.
Подробнее можно почитать здесь: http://www.rutoken.ru/products/rutoken/architecture/, либо в Руководстве пользователя: http://www.rutoken.ru/hotline/download/manual/.
Включение драйверов в состав поставки может быть как отдельным дистрибутивом, так и включение msi-файла в состав дистрибутива.