При установке драйверов Рутокен в папку c:\WINDOWS\Installer\    записывается служебная информация:

Если она была удалена из этой папки, то при запуске обновления (удаления) драйверов Вы получите такие сообщения:


Для корректного удаления старых драйверов эту информацию надо восстановить.
Определяем какая версия драйверов у Вас установлена:

Далее находим и запускаем установщик соответствующей версии. Дожидаемся сообщения о ненайденном файле. Затем заходим в папку, куда Windows помещает временные файлы - c:\WINDOWS\Temp\  (зависит от настроек переменных окружения)
Находим там вновь созданную папку такого вида:

Содержащую такие файлы:

Копируем эту папку в корень диска С.
Затем в установщике драйверов Рутокен нажимаем "Обзор" и указываем на скопированную папку:

Далее выбираем удаление драйверов:

В результате старая верcия драйверов будет успешно удалена из системы. Затем удаляем скопированную папку и устанавливаем новую версию драйверов.