У меня все работало до переустановки windows и сертификат был корректный, после переустановки системы начались эти проблемы. При входе в лк налоговой по эп, появляется окно, в котором уже выбран сертификат, далее предлагается его проверка, затем написано, что сертификат некорректный. Можно было бы понять, если бы я до переустановки системы не пользовалась данным сертификатом, однако ранее все работало. Вероятнее всего этот вопрос уже не к вам, а к налоговой, но очень странно, что нет возможности выбрать сертификат, откуда вообще их система берет сертификат.
А тот вопрос, с которым я пришла, я решила , благодаря вашей инструкции, сохранив сертификат на жесткий диск.