griny28rus, добрый день!
Вы можете удалить ненужные сертификаты следуя следующей инструкции.

griny28rus, пришлите скриншот вкладки Информация из Панели управления Рутокен, пожалуйста.

под рукой есть Рутокен 3.0 ФЛ с такой же проблемой! Сертификат ОДИН
128 свободно, а так не должно быть, так как если взять Рутокен без проблем то у него свободно будет 113632 +-

ВОТ КАК ПРИМЕР!
Сегодня взял проблемный Рутокен и отформатировал и в ФНС записал сертификат и все заработало! и память не забита даже при двух сертификатах!

но это не решение крайнее, я всё таки думаю не должно быть так!

но это ведь очень плохое решение, разве нельзя сделать утилиту для чистки?
у установленного сертификата несколько объектов и каждый завязан между собой, и отличить кто кому служит не сложно, тем самым можно отследить кто должен быть очищен, для рядового конечно нету доступа для чистки скрытых, но вы то большие умы))

Бага не какого нету, это проблема накопительная! (не подчищаются хвосты при перезаписи)

это так и есть, но проблема эта не у одного клиента, а у многих у кого Рутокен активно меняет RSA серт, или часто перезаписывать любой другой сертификат! или у Рутокена нету Garbage Collector