К сожалению, rtCert не увидит сертификаты в контейнерах КриптоПро из-за другого формата последних.
Если Вам нужно экспортировать сертификат с Рутокена в .cer файл (не содержит закрытого ключа), то это можно сделать при просмотре сертификата в КриптоПро (Свойства - вкладка Состав - Копировать в файл). Но такой файл не позволит восстановить ключевую информацию на чистом носителе, в случае утери или порчи последнего.
Также, при помощи КриптоПро, Вы можете скопировать контейнер с ключевой парой и сертификатом на другой носитель или в реестр (Сервис - Скопировать), если при выписывании сертификата была оставлена такая возможность (есть возможность запрета экспорта закрытого ключа при выписывании сертификата).
Дополнительную информацию по вопросам экспорта сертификата, выписанного при помощи криптопровайдера КриптоПро, Вы можете получить в тех. поддержке компании Крипто-ПРО.